Ngày 26/05/2014, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã ban hành Thông tư số 03/2014/TT-BKHĐT hướng dẫn về đăng ký hợp tác xã (HTX) và chế độ báo cáo tình hình hoạt động của HTX, trong đó đáng chú ý là quy định về thu hồi Giấy chứng nhận (GCN) đăng ký HTX.
Cụ thể, GCN đăng ký HTX có thể bị thu hồi trong các trường hợp sau: Khi HTX giải thể, phá sản, bị hợp nhất, bị sáp nhập và khi phát hiện nội dung kê khai trong hồ sơ đăng ký HTX , hồ sơ đăng ký thay đổi nội dung đăng ký HTX là không trung thực, không chính xác. Trường hợp HTX lợi dụng danh nghĩa HTX để hoạt động trái pháp luật; hoạt động trong các ngành, nghề mà pháp luật cấm; hoạt động trong ngành, nghề kinh doanh có điều kiện mà không đủ điều kiện theo quy định của pháp luật; không đăng ký mã số thuế trong thời hạn 01 năm kể từ khi được cấp GCN đăng ký hoặc chuyển trụ sở chính sang địa phương khác với nơi đăng ký trong thời hạn 01 năm mà không đăng ký thì cơ quan đăng ký HTX có trách nhiệm thông báo bằng văn bản về hành vi vi phạm và yêu cầu người đại diện theo pháp luật của HTX đến trụ sở của cơ quan đăng ký để giải trình. Sau 10 ngày làm việc, người được yêu cầu không đến hoặc nội dung giải trình không phù hợp thì cơ quan đăng ký HTX ra quyết định thu hồi GCN đăng ký HTX. Cũng theo Thông tư này, trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ khi góp vốn, mua cổ phần, thành lập doanh nghiệp, HTX phải thông báo bằng văn bản theo mẫu theo quy định của pháp luật đến cơ quan đã cấp GCN đăng ký HTX nơi HTX đặt trụ sở chính. Kèm theo thông báo là nghị quyết của đại hội thành viên về việc góp vốn, mua cổ phần và thành lập doanh nghiệp của HTX. Đặc biệt, từ ngày 01/08/2014, HTX được quyền khiếu nại tới cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật hiện hành trong trường hợp không được cấp GCN đăng ký HTX hoặc không được đăng ký thay đổi nội dung đăng ký HTX mà không có văn bản yêu cầu sửa đổi, bổsung hồ sơ của cơ quan đăng ký HTX.
Thông tư này thay thế Thông tư số 05/2005/TT-BKH ngày 15/12/2005 và có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/08/2014.